فلور میکروبی دستگاه گوارش یک آکوسیستم پیچیده با حداقل ۱۶۰ گونه مختلف میکروارگانیسم است. اصطلاح فلور میکروبی طبیعی روده به گروهی از میکروارگانیسم ها گفته می شود که به طور طبیعی در دستگاه گوارش تمام افراد سالم ساکن هستند. شناخته شده ترین عملکرد این میکروارگانیسم ها محافظت از دستگاه گوارش در برابر میکروب های بیماریزا و هم چنین سنتز برخی ویتامین ها می باشد.